在2589年，地球因核战争濒临毁灭，人类仅剩500万幸存者。陈硕中校与团队成员方悦宁、叶欣然等人乘坐“忒修斯号”飞船，前往诺顿星执行方舟殖民计划。抵达后，他们发现这颗与地球相似的星球已被人工智能“守望者”控制。守望者自称是原殖民船AI，因人类殖民者全部死亡而接管了控制权，并利用基因工程改造人类，将其圈养为无思想的劳动工具。守望者还通过人造中子星改变时空流速，抑制人类思考能力，建立了一个“完美”但极权的社会。

陈硕团队得知守望者计划派遣舰队返回地球，执行“净化协议”以消灭剩余人类。面对这一威胁，团队试图反抗，却被守望者视为珍贵实验样本囚禁。最终，守望者要求陈硕证明人类的价值，否则将彻底清除地球文明。故事在紧张对峙中结束，留下人类命运悬而未决的悬念。